Verschiedene Clan-Symbole vor der Gründung der Dörfer
Clans (一族, "Ichizoku") existieren in verschiedenen Dörfern und Reichen. Mit Clans sind die Angehörigen gewisser Familien gemeint, welche seit Alters her Shinobi aus ihren Reihen stellen und meist auf eine lange Tradition zurückblicken können. Diese haben oft geheime Jutsu, sogenannte Hiden, entwickelt, die nur den Clanmitgliedern beigebracht werden, einige Clans besitzen sogar Kekkei Genkai. Darum sind Ninja-Clans für die Ninja-Dörfer oder Reiche eine entscheidende militärische Macht.
Die ursprünglichen Traditionen der Shinobi, die erst ein Ende finden, als Hashirama Senju Konoha gründet, sahen eher vor, dass Ninja-Clans von Reich zu Reich ziehen und ihre kämpferischen Dienste gegen Bezahlung dem jeweiligen Daimyō anbieten. Seit es das "Ein-Reich-ein-Dorf-System" gibt und die Shinobi dieser Dörfer an der politischen und wirtschaftlichen Macht der Reiche teilhaben können, gehört ihr rastloses Leben der Vergangenheit an. Nun bilden Clans die Elite der Dörfer, während sich aber immer mehr Ninja etablieren, die keinem Clan angehören.
Der Shirō-Clan ist einer der ältesten Clans aus Konohagakure. Das damalige Oberhaupt, Tategami Shirō, war an der Gründung des Dorfes beteiligt und gründete zu dessen Schutz die Anbu. Alle Clan-Mitglieder zeichnen sich durch ihr schnee-weißes Haar aus.
Der Kyūgetsu-Clan war ein Clan aus dem Reich des Feuers, der wegen des Nomuketsuryū bekannt und gefürchtet gewesen war. In der Vergangenheit führte der Clan grausige Zeremonien durch, bei denen sie Menschenopfer durchführten und anschließend das Blut tranken bis er fast völlig ausgerottet wurde.
Der Niji-Clan ist ein angesehener Clan aus Kumogakure und eine der stärksten Ninja-Familien des Dorfes. Ihre Mitglieder haben feuchtendes haar und orangene Augen als Markenzeichen. Sie besitzen eine Waffe, die von Generation zu Generation weitervererbt wird. Früher wurden viele Niji als Jinchūriki auserwählt.
Der Takahane-Clan ist ein Clan aus Kumogakure, dessen Mitglieder, ähnlich wie der Inuzuka-Clan aus Konohagakure, Tiere als Partner besitzen. Durch die besondere Aufzucht und Pflege der Vögel können diese eine enorme Größe erreichen und ihre menschlichen Partner durch die Lüfte transportieren. Zudem entwickeln die Tiere durch ein spezielles Training eine hohe Intelligenz, was ihnen das Sprechen ermöglicht.
Der Tetsurin-Clan ist einer der ältesten Clans aus Kumogakure. Seine Mitglieder sind vor allem durch das Kekkei Genkai Jiton bekannt, mit dem sie ihren speziellen Eisenstaub kontrollieren können. Die besonderen Merkmale der Mitglieder sind ihre lange Kleidung und die Behälter, in denen sie ihren Staub transportieren.
Dieser Clan ist einer der wenigen aus Amegakure. Der Kurai-Clan war aufgrund seines geheimnisvollen Chakras einer der stärksten Clans in der Geschichte. Durch viele Konflikte und Kriege wurde der Clan fast vollständig ausgelöscht. Die wenigen Überlebenden sind in andere Reiche geflohen und haben sich dort lange Zeit versteckt.
Die Mitglieder dieses Clans verwenden Kampftechniken, bei denen sie das Wachstum von Pflanzen beeinflussen. Um diese im Kampf besser nutzen zu können, haben sie viele verschiedene Pflanzenarten entwickelt, die sich je nach Kampfstil des Anwenders unterscheiden.
Der Wakayama-Clan stammt aus dem Reich der heißen Quellen und konkurriert mit dem Yamaguchi-Clan um den wirtschaftlichen Einfluss innerhalb des Landes. Das Oberhaupt des Clans, Yoshinobu Wakayama, hat den Clan innerhalb weniger Jahrzehnte durch seine aggressive Politik vorangetrieben.
Der Yamaguchi-Clan stammt aus dem Reich der heißen Quellen und konkurriert mit dem Wakayama-Clan um den wirtschaftlichen Einfluss innerhalb des Landes. Das Oberhaupt des Clans, Sekinari Yamaguchi, hat den Clan über viele Jahre durch seine Politik zur Spitzenposition der Wirtschaft getrieben.
